Die IPPNW hat die Vision, dass die Menschen in den Ländern eines Gesamteuropas, das über die existierende Europäische Union hinausgeht und auch Russland mit einbezieht, in friedlicher Kooperation zusammenleben und Menschen in Not Zuflucht bietet und ihre Menschenrechte wahrt. Ein solches Europa könnte die Kraft und Resilienz entwickeln, damit die Region in einer globalisierten Welt nicht erneut zu einem Herd eines weltumspannenden Krieges wird. Die ärztliche Friedensorganisation sieht in den Strukturen der Europäischen Union erhebliche Kriegsgefahren und Fluchtursachen.